会同县市场监督管理局内设17个职能股室:办公室、人事股、财务股、政策法规股、食品药品综合协调股、食品生产与流通监管股、餐饮食品安全监管股、保健食品与化妆品监管股、药品生产与流通监管股、消费者权益保护股、市场规范管理股、企业和个体经济监督管理股、质量管理和标准化股、特种设备安全监察股、产品质量监督股、行政审批服务股、稽查股;4个直属机构:会同县市场和质量监督管理局经济检查分局、会同县市场和质量监督管理及公平交易分局、会同县市场和质量监督管理及企业注册分局、会同县市场和质量监督管理局“12315、12331、12365”申诉举报中心;5个直属事业单位:会同县产品质量监督检验及计量检定所、会同县食品安全技术审评认证中心、会同县食品药品检验所、会同县个体私营经济发展指导中心、会同县市场和质量监督管理局信息中心。全局设机关行政编制49个,机关事业编制23个,全额拨款事业编制58个,机关后勤编制5个。其中,局长1名、副局长3名(其中1名副局长兼任县食品安全委员会办公室副主任),总工程师1名,股级领导职数17名。